Джеймс М. Фергюсон
Биоинформатик
Я биоинформатик, специализирующийся на геномных технологиях, секвенировании нанопор в реальном времени, анализе сигналов, машинном обучении и соответствующем оборудовании. У меня есть опыт разработки программного обеспечения и более десяти лет опыта работы в отрасли патологии.
интересы исследования
Я геномный системный аналитик в Институте Гарвана с опытом работы в области тестирования клинических патологий, алгоритмов и разработки программного обеспечения. Ведя вычислительные разработки в группе геномных технологий Центра популяционной геномики, я применяю свои уникальные навыки для разработки новых биоинформационных инструментов, а также проектирования и поддержки инфраструктуры секвенирования нанопор.
Мои области исследований включают в себя:
-
Анализ сигнала нанопор
-
Клинические испытания и разработка методов
-
Нарушения с короткими тандемными повторами
-
Вирусная геномика (ВИЧ/SARS-Cov-2)
-
Одноклеточное секвенирование
-
Прямое секвенирование РНК
-
Сборка генома
-
Обнаружение метилирования
-
Машинное/Глубокое обучение
Основные моменты публикации
Фергюсон, Дж. М.и М.А. Смит (2019). "SquiggleKit: набор инструментов для управления данными сигнала нанопор.Биоинформатика 35(24): 5372-5373.
Смит, Массачусетс, Т. Эрсавас,Дж. М. Фергюсон, Х. Лю, М. С. Лукас, О. Бегик, Л. Боярски, К. Бартон и Э. М. Новоа (2020). "Молекулярное штрих-кодирование нативных РНК с использованием секвенирования нанопор и глубокого обучения.Геном Res 30(9): 1345-1353.
Фергюсон, Дж. М., Х. Гамаараччи, Т. Нгуен, А. Голлон, С. Тонг, К. Аквилина-Рид, Р. Боуэн-Джеймс и И. В. Девесон (2021). "InterARTIC: интерактивное веб-приложение для полногеномного анализа последовательности нанопор SARS-CoV-2 и других вирусов.«Биоинформатика.